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    單細胞small RNA-seq

    Small RNA是一類重要的體內調節分子,包括microRNA, snoRNA和piRNA等多種類型(詳細見圖表)。它們主要功能是誘導基因沉默,參與基因轉錄后調控,調節細胞生長、分化,以及個體發育、生殖等重要生物學過程。但是,當前市面上通用的商品化試劑盒(例如凱杰和熱電)對RNA起始量的要求在10-50ng左右,對于<10ng來源的微量樣本和單細胞來源的small RNA都難于完成NGS建庫。加之small RNA長度和生化性質,正常建庫過程大量接頭自連副產物導致測序出產率<20%,根本檢測不到表達豐度低的small RNA,一直以來,這都是微量(<10 ng)和單細胞small RNA測序的瓶頸。近期,中科院吳立剛教授實驗室成功研發了單細胞small RNA-seq的技術CAS-seq (Nature Commun, 2019),突破了這一技術瓶頸。我公司獲得許可使用該技術提供服務。

    圖片3.jpg

    4.jpg

    ~30個自然日,10M clean reads on NovaSeq 6000 PE 150

    送樣要求:

    樣本類型

    標準送樣量

    細胞樣本

    提取RNA: 細胞量≥1×107,收集好的細胞離心后,PBS緩沖液洗兩遍,立即加入1ml Trizol裂解。-80°C保存,干冰運輸。

     

    培養上清

    提取RNA: 細胞量≥1×106,總量20 ml,收集好的細胞離心后,PBS緩沖液洗兩遍,立即加入1ml Trizol裂解。-80°C保存,干冰運輸。

    冰凍新鮮組織

    提取RNA:新鮮組織≥10mg,立即切成<0.5cm的碎塊,浸沒在5倍體積的RNAlater中,4°C過夜。-80°C保存,干冰運輸。

    血液

    Total RNAsmall RNA提?。?/span>

    總量≥ 5ml。

    采用PAXgen Blood RNA tube收集血液樣本,混勻。

    -80°C保存,干冰運輸。

     

    血漿/血清

    RNAsmall RNA提?。?/span>

    抗凝管:檸檬酸鈉管或EDTA管,不建議肝素抗凝管。

    總量≥ 2.5ml。

    加入TRIZOL LS裂解血漿/血清,與樣本比例為3:1。-80°C保存,干冰運輸。

    注意!RNAlaterTRIZOL不建議用來處理液體樣本。

    參考文獻:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4974095/

                     https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5763889/pdf/TSWJ-2010-10-914190.pdf 

    服務代碼:4base-scsmRNA-seq

    訂購指南:order@4basedx.com

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